
Развитые культуры неолита, относящиеся к фазам докерамического неолита A (10 200 г. до н. э.) и докерамического неолита B (7600–6000 гг. до н. э.), появились в плодородном полумесяце и оттуда распространились на восток и запад. В то же время культура земледелия с использованием самых ранних серповидных лезвий пришла на смену культуре охотников, рыболовов и собирателей, использовавших каменные орудия вдоль Нила. Геологические данные и исследования с помощью компьютерного моделирования климата также свидетельствуют о том, что естественные изменения климата около 8000 г. до н. э. привели к высыханию обширных пастбищных земель на севере Африки, в результате чего образовалась Сахара. Дальнейшее высыхание вынудило предков египтян поселиться вокруг Нила на более постоянной основе и вести более оседлый образ жизни. Самой древней полностью развитой неолитической культурой в Египте является культура Фаюм А, зародившаяся около 5500 г. до н. э.
Примерно к 5500 году до н. э. небольшие племена, жившие в долине Нила, превратились в ряд взаимосвязанных культур, простиравшихся на юг до Судана, демонстрировавших уверенный контроль над сельским хозяйством и животноводством и узнаваемых по керамике и личным вещам, таким как гребни, браслеты и бусы. Крупнейшей из этих ранних культур на севере Верхнего Египта была культура Бадари, которая, вероятно, зародилась в Западной пустыне; она была известна своей высококачественной керамикой, каменными орудиями и использованием меди. Самые древние известные одомашненные быки в Африке были найдены в Фаюме и датируются примерно 4400 годом до н. э. За культурой Бадари последовала культура Накада, которая принесла ряд технологических усовершенствований. Уже в первый период Накады, Амратия, египтяне импортировали обсидиан из Эфиопии и использовали его для изготовления лезвий и других предметов из отщепов. К 3300 году до н. э., незадолго до появления первой египетской династии, Египет был разделён на два царства, известных как Верхний Египет на юге и Нижний Египет на севере.
Египетская цивилизация зарождается во время второго этапа культуры Накада, известного как период Герзе, примерно в 3500 году до н. э., и достигает расцвета после объединения Верхнего и Нижнего Египта примерно в 3150 году до н. э. Сельское хозяйство производило большую часть продуктов питания; с увеличением запасов продовольствия население стало вести более оседлый образ жизни, а крупные поселения превратились в города с населением около 5000 человек. Именно в это время горожане начали использовать сырцовый кирпич для строительства своих городов, и использование арок и углубленных стен для декоративного эффекта стало популярным. Медь вместо камня все чаще использовалась для изготовления инструментов и оружия. Символы на герзейской керамике также напоминают зарождающиеся египетские иероглифы. В это время также существуют ранние свидетельства контактов с Ближним Востоком, в частности с Ханааном и побережьем Библоса. Одновременно с этими культурными достижениями происходил процесс объединения обществ и городов в верховьях Нила, или в Верхнем Египте. В то же время общества в дельте Нила, или в Нижнем Египте, также проходили процесс объединения. Во время своего правления в Верхнем Египте царь Нармер победил своих врагов в Дельте и объединил Верхнее и Нижнее царства под своей властью.
Ранний династический период в Египте сразу же последовал за объединением Верхнего и Нижнего Египта. Обычно считается, что он включает Первую и Вторую династии, которые просуществовали с археологического периода Накада III примерно до начала Древнего царства, около 2686 года до н. э. При Первой династии столица была перенесена из Тиниса в Мемфис, а объединённым Египтом правил царь-бог. Признаки древнеегипетской цивилизации, такие как искусство, архитектура и многие аспекты религии, сформировались в период Ранней династии. Сильная царская власть, созданная фараонами, служила для легитимизации государственного контроля над землёй, рабочей силой и ресурсами, которые были необходимы для выживания и развития древнеегипетской цивилизации.
Крупные достижения в архитектуре, искусстве и технологиях были сделаны во время последующего периода Древнего царства, чему способствовало повышение производительности сельского хозяйства и, как следствие, рост населения, ставший возможным благодаря хорошо развитой центральной администрации. Некоторые из величайших достижений Древнего Египта,
пирамиды Гизы и Большой Сфинкс, были построены во времена Древнего царства. Под руководством визиря государственные чиновники собирали налоги, координировали ирригационные проекты для повышения урожайности, привлекали крестьян к работе на строительных объектах и создали систему правосудия для поддержания мира и порядка. Наряду с ростом значимости центральной администрации появился новый класс образованных писцов и чиновников, которым фараон даровал поместья в качестве платы за их услуги. Фараоны также предоставляли земли своим заупокойным культам и местным храмам, чтобы у этих учреждений были ресурсы для поклонения фараону после его смерти. Ученые считают, что за пять столетий такая практика постепенно подорвала экономическую мощь фараона и что экономика больше не могла поддерживать большую централизованную администрацию. По мере ослабления власти фараона региональные правители, называемые номархами, начали оспаривать верховенство фараона. Это, в сочетании с сильной засухой в период с 2200 по 2150 год до н. э., предположительно, привело к тому, что страна вступила в 140-летний период голода и беспорядков, известный как Первый переходный период.