22 августа 1936 г. покончил с собой М. П. Томский. В постскриптуме предсмертного письма, адресованного Сталину, он писал:
Если ты хочешь знать, кто те люди, которые толкали меня на путь правой оппозиции в мае 1928 г. — спроси мою жену лично, только тогда она их назовёт. Встретившийся с женой Томского Ежов выяснил (согласно его собственному заявлению), что Томский имел в виду Ягоду.
В сентябре 1936 года Ягода был снят с поста наркома внутренних дел и назначен наркомом связи. Из записки И. В. Сталина Г. Г. Ягоде от 26 сентября 1936 г.:
Тов. Ягоде.
Наркомсвязь дело очень важное. Это Наркомат оборонный. Я не сомневаюсь, что Вы сумеете этот Наркомат поставить на ноги. Очень прошу Вас согласиться на работу Наркомсвязи. Без хорошего Наркомата связи мы чувствуем себя как без рук. Нельзя оставлять Наркомсвязь в нынешнем её положении. Её надо срочно поставить на ноги.
— И. Сталин
Опросом членов ЦК ВКП(б) от 31.03 — 01.04.37 года О Ягоде.
Утвердить следующее предложение Политбюро ЦК ВКП(б) в Политбюро под №1 входил Сталин:
Ввиду обнаружения антигосударственных и уголовных преступлений Наркома связи Г. Г. Ягоды, совершённых в бытность его Наркомом внутренних дел, считать необходимым исключение его из партии и ЦК и санкционировать на его арест.
В марте 1938 года Ягода предстал на Третьем Московском процессе как один из главных обвиняемых. На обвинение в шпионаже ответил:
Нет, в этом я не признаю себя виновным. Если бы я был шпионом, то уверяю вас, что десятки государств вынуждены были бы распустить свои разведки.